Razmena studenata i nastavnog osoblja u programu CEEPUS se prvenstveno realizuje u okviru institucionalnih mreža. Mreže predstavljaju partnerstva visokoškolskih ustanova iz zemalja članica CEEPUS programa i njihovih organizacionih jedinica i usmerene su ka istraživanju određenog područja od zajedničkog značaja za sve učesnice. Ova partnerstva mogu biti grupisana prema širim tematskim oblastima. Mrežu čine najmanje tri visokoškolske institucije iz barem tri države članice CEEPUS-a, pri čemu jedna ustanova obavlja ulogu koordinatora mreže, dok su stale ustanove učestvuju u mreži u svojstvu partnera. U praksi je broj članova mreže dosta veći, čime se omogućava saradnja sa većim brojem partnerskih institucija.
